Segundo diversos estudiosos, é amplamente sustentado que a Arca da Aliança foi levada para a Babilônia após a invasão de Nabucodonosor e, de acordo com essa teoria, permanece lá até os dias atuais.
Existia uma tradição judaica de que a arca estava guardada embaixo do pátio das mulheres no compartimento onde se preparavam as madeiras ou toras que seriam usadas no altar de sacrifícios.
Segundo um sábio chamado Rabi Yehoshua, o Rei Salomão pensando em uma futura invasão e saqueamento do templo, construiu labirintos subterrâneos para esconder a arca e evitar que ela fosse tomada pelos inimigos.
Outra teoria é que o Profeta Jeremias teria levado a arca para o monte de Nebo e escondido em uma caverna antes da invasão de Nabucodonosor, essa passagem pode-se encontrar em Macabeus 2 2:5-6.
Atualmente, há um grupo religioso etíope que diz manter a Arca escondida. Os monges da Igreja Santa Maria de Sião teriam recebido o objeto das mãos de Menelik, filho do Rei Salomão com a rainha de Sabá, em 950 AC.
Na profecia de João em Apocalipse 11:19 revela-se que a arca já se encontra no templo de Deus, pensando em algo que vai acontecer no fim dos tempos então a Arca já se encontra junto com Deus no Reino dos Céus.
A Arca como Objeto do Templo de Salomão não mais tem valor para os Cristãos, uma vez que ela representava a Glória de Deus (Shekiná), agora a sua Glória pode ser vivida no Homem Interior nascido do Sangue de Cristo.